Os iniciadores são pequenos pedaços de ADN utilizado em uma técnica biológico conhecido como a reacção em cadeia da polimerase (PCR). PCR é utilizado por biólogos moleculares para amplificar sequências de genes para a análise científica mais sofisticados, como a sequenciação de DNA, clonagem ou várias aplicações biotecnológicas. projeto Primer é uma habilidade que deve ser dominado por qualquer pessoa que desejam estudar genes, e requer uma sólida compreensão da biologia e da genética. Embora as regras para desenho de primers são relativamente simples, as complexidades da genética, plataformas experimentais e sistemas de computação resultaram em centenas de programas de software avançados que podem ser usados para o projeto primer.
Primer Projeto Tutorial
Obter a sua identidade genética para banco de dados Entrez Gene. Pesquisa para o "RefSeq" identidade do seu gene, simplesmente digitando o nome do seu gene na caixa de pesquisa. Obter a identidade cDNA RefSeq do seu gene escolhido (por exemplo, "NM_136342").
Faça o download do "FASTA" seqüência. Este é o conteúdo de nucleotídeos do seu gene representado como alfabetos e é basicamente um arquivo de texto. Procure o "Melhor que" símbolo (gt;), a qual marca o início da sequência do gene. Selecionar, copiar e colar a sequência inteira ou clique no "baixar" botão para recuperá-lo para o seu computador.
Obter sua sequência genética. Ir para o site da CLAT ou BLAST (genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat) e cole a seqüência FASTA formato na caixa de pesquisa. Clique "Enviar."
Use uma ferramenta de desenho de primers profissional. Estes incluem software como o perlprimer livremente disponível, ou mais sofisticados, mas comerciais, como VectorNTI e MacVector. Em perlprimer (perlprimer.sourceforge.net/), basta carregar a sua sequência no software e clique "Encontrar primers."
Confira os primers. Você deverá ver iniciadores directos e inversos ("pares de iniciadores"), Com posições numéricas sobre a sequência, comprimentos de primers, temperatura de fusão e sequência de iniciador completo. Verificar se os pares de iniciadores todas as regras do desenho de iniciadores, tais como a formação de dimeros de iniciadores fraco, a presença de um grampo de GC e nas três-prime-extremidade (3 `) do iniciador, e que pelo menos um iniciador é encontrado medindo uma fronteira intrão-exão.
Verificar os produtos gerados pelos iniciadores. Executar um PCR eletrônico (por exemplo, ePCR do NCBI) para verificar os tipos ou propriedades de produtos de genes produzidos pelos iniciadores durante uma reação PCR simulada.
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